La Metodología principal de enseñanza es el estudio independiente, lo cual implica que el alumno no está bajo la supervisión constante del profesor u orientador, y la inductiva individualizada con el objeto de enseñar a pensar y mejorar las habilidades metacognitivas, estimulando al estudiante al conocimiento experimental de sus propias posibilidades y a la autodisciplina en el trabajo, ofreciendo oportunidades para el pensamiento creador, el pensamiento crítico y la investigación, llegando con más facilidad a la satisfacción en el trabajo y ofreciendo oportunidades para satisfacer los propios intereses.

Despues de cada curso, el Centro Huerta del Rey entrega a los padres un informe en el que —entre otros aspectos— se documentan las actividades realizadas.